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未来世界，水资源短缺引发了连绵的战争。人们相互厮杀，争夺有限的资源，地球变成了血腥十足的杀戮死战场。面容恐怖的不死乔在戈壁山谷建立了难以撼动的强大武装王国，他手下的战郎驾驶装备尖端武器的战车四下抢掠，杀伐无度，甚至将自己的孩子打造成战争机器。在最近一次行动中，不死乔的得力战将费罗莎带着生育者们叛逃，这令不死乔恼羞成怒，发誓要追回生育者。经历了激烈的追逐战和摧毁力极强的沙尘暴，费罗莎和作为血主的麦克斯被迫上路，而身后不仅有不死乔的追兵，还有汽油镇、子弹农场的重兵追逐。末世战争，全面爆发……。心情沮丧，愤世嫉俗的联邦调查局人员艾特杰菲（布鲁斯威利），由于调职后被人陷害，于是对政府失去了信心，这时他被派去调查一起双亲离奇遇害，男孩失踪的案件，可是被卷入了一场意想不到的事件。 　　杰菲在前往现场查案时，发现了失踪的男孩，这名患有自闭症的男孩“塞门”因为惊吓过度，不能说话，他的经历引起了杰菲的共鸣，凭他的直觉，他认为身陷危险，于是请求警方提供保护。但警方无故撤退了，杰菲只好带着孩子逃命。 　　杰菲不顾同事的反对收容了男孩，后来发现“塞门”竟然无意破解了军方最高机密的“水星密码”，于是惹来了杀身之祸。这个密码是为了保护美国在全球的情报活动，于是杰菲被逐出联邦调查局，向警方的求助也被拒绝，只好单枪匹马保护“塞门”，摆脱政府的追杀。。由幽灵·杜鲁布所带领的海盗集团，在海中取得有“苍海的王子”之称的玛纳霏的蛋，企图用以不法之事。但随即被从中卧底的神奇宝贝保育家杰克·渥卡所夺走。之后，小智等人在旅途中因缺乏水源，而与一群为“水之民”后代的马戏团家族结识。当晚小遥梦见一座神殿。后经广美的解说，众人方知他们正在替杰克保管玛纳霏的蛋，而那神殿正是它的故乡，名为亚克夏。随后，幽灵等人闻讯前来想把蛋抢回。在混乱之中，玛纳霏在小遥手中孵化了。大家便决定将它送回神殿；而幽灵为了得到隐藏在神殿内的宝物“海之王冠”，极需要玛纳霏来替自己找出神殿的正确位置，便在后跟踪。一场惊险的行动就此展开....。