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宋真宗年间秘密筹组的情报组织金龙门，门下高手如云，卓不凡（吴岱融）、骆孤峰（欧瑞伟）及韩椎（李家声）尤为佼佼者，三人出生入死屡建奇功。辽国二太子耶律修哲为达颠覆中原之目的，亦成立紫薇山庄，由展聘婷（罗慧娟）主持，婷利用凡之感情，介入凡与曲云烟（李婉华）之间。其后凡发现婷之真实身份，依然斩情丝与之对抗，然婷与哲则因争夺而明争暗斗......。故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。 动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。。